В случае поставки товара в обособленное подразделение в строке 6б счета-фактуры надо указать ИНН головной организации и КПП подразделения. Такое разъяснение содержится в письме Минфина России от 01.09.14 № 03-07-09/43645.
В строке 6б счета-фактуры указываются идентификационный номер налогоплательщика и код причины постановки на учет налогоплательщика-покупателя (подп. «л» п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.11 № 1137). Поэтому при поставке товара обособленному подразделению компании в строке 6б «ИНН/КПП покупателя» указывается КПП соответствующего обособленного подразделения.
Напомним, с 17 октября компании вправе обмениваться новым универсальным корректировочным документом. Форма и рекомендации по использованию утверждены в письме от 17.10.14 ММВ-20-15/86@. Подробные ответы на самые важные вопросы по новой форме - в статье Новый универсальный корректировочный документ: инструкция по использованию.