Если компания провела модернизацию оборудования и не принимала налог к вычету при его покупке, восстановление НДС в случае перехода на УСН не требуется (письмо Минфина России от 14.03.2011 № 03-07-11/50).
Следует помнить, что модернизация увеличивает первоначальную стоимость актива (п. 2 ст. 257 НК РФ). То есть списывать ее надо через амортизацию.
Если компания приняла к вычету НДС со стоимости работ, в четвертом квартале перед переходом на УСН налог надо восстановить (подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Для этого необходимо определить остаточную стоимость основного средства, которая соответствует расходам на модернизацию. А от нее рассчитать НДС.
Пример
Компания купила в декабре 2013 года оборудование за 500 тыс. руб. без НДС. Срок службы — 60 месяцев. Норма амортизации — 1,667% (1 : 60 мес. × 100%). Ежемесячная амортизация — 8335 руб. (500 000 руб. × 1,667%).
В июле 2014 года компания провела модернизацию. Стоимость работ — 118 тыс. руб., в том числе НДС — 18 тыс. руб. На 1 августа остаточная стоимость имущества равна 541 655 руб. (500 000 руб. – 8335 руб. × 7 мес. + 100 000 руб.).
Начиная с августа компания списывает ежемесячно 10 002 руб. ((500 000 руб. + 100 000 руб.) × 1,667%). То есть спишет актив за 55 мес. (541 655 руб. : 10 002 руб.). На 1 января 2015 года останется 50 месяцев. На эту дату остаточная стоимость в части модернизации равна 90 909,09 руб. (100 000 руб. : 55 мес. × 50 мес.).
Восстановить НДС надо в сумме 16 363,64 руб. (90 909,09 × 18% : 100%).