Разработка дизайна сайта облагается НДС

Да, Людмила, надо.

Налогом облагаются услуги, оказанные на территории России (подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ). Местом оказания услуг считается территория нашей страны, если исполнитель состоит на учете в российской инспекции. Исключение из этого правила действует для услуг, перечисленных в подпунктах 1–4.1, 4.3 пункта 1 статьи 148 НК РФ. Разработки дизайна в этом перечне нет. Поэтому НДС с реализации надо заплатить по ставке 18 процентов. С этим согласны и специалисты Минфина России (письмо от 31.07.12 № 03-07-08/223).

Компания обязана выставлять счета-фактуры при совершении операций, облагаемых НДС (подп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ). Так как ваши услуги облагаются налогом, то надо составить и счета-фактуры.