Да, налог безопаснее восстановить.
Право на вычет НДС с аванса связано с вычетом входного налога по товарам, полученным в счет этой предоплаты (подп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ). То есть покупатель сначала принимает к вычету НДС с аванса, потом восстанавливает ранее принятый к вычету НДС и принимает к вычету налог по приобретенным товарам (подп. 3 п. 3 ст. 170, п. 2, 12 ст. 171, п. 9 ст. 172 НК РФ). Если срок исковой давности истек, покупатель уже не получит товары, в счет которых перечислил аванс (ст. 195, 196 ГК РФ). А значит, не сможет применить вычет по приобретенной продукции. Поэтому при списании дебиторки налог надо восстановить (письмо Минфина России от 11.04.14 № 03-07-11/16527).