Нет, возврат излишне удержанного НДФЛ в справке о доходах отражать не требуется. Достаточно уточнить налоговые обязательства бывшего сотрудника. Если компания уже отчиталась по НДФЛ, то в инспекцию надо сдать уточненную справку 2-НДФЛ.
В уточненной справке потребуется исправить сумму доходов или налоговой базы. А также записать сведения об уточненной сумме исчисленного, удержанного и перечисленного налога по строкам 5.3–5.5. При этом по строке 5.5 «Сумма налога перечисленная» надо отразить не фактически перечисленный НДФЛ, а налог, который требуется заплатить в бюджет после уточнения налоговых обязательств сотрудника. То есть сумму перечислений необходимо уменьшить на возвращенный налог. Аналогичные разъяснения содержатся в письме ФНС России от 13.09.12 № АС-4-3/15317.